W roku 1517 doszło do zdarzenia, które zrewolucjonizowało życie religijne w Europie. 31 października 1517 augustiański mnich i teolog Marcin Luter ogłosił w Wittenberdze 95 tez przeciwko nadużyciom w Kościele katolickim (według tradycji przybił je na drzwiach tamtejszego kościoła zamkowego). Luter potępił praktykę sprzedaży odpustów i wezwał do odnowy duchowej. Jego wystąpienie zapoczątkowało reformację – wielki ruch religijny dążący do reform Kościoła, który doprowadził do rozłamu chrześcijaństwa zachodniego.

Początkowo Luter chciał zreformować Kościół od wewnątrz, jednak w obliczu sprzeciwu papieża i ekskomuniki (1521 r.) zyskał poparcie wielu książąt niemieckich. W efekcie powstały niezależne od Rzymu Kościoły protestanckie. W ślad za Niemcami ruch reformacji rozprzestrzenił się na inne kraje: w Szwajcarii działali Ulrich Zwingli i Jan Kalwin, w Anglii król Henryk VIII zerwał z Rzymem tworząc Kościół anglikański. Reformacja przyniosła wojny religijne, prześladowania i chaos, ale też głębokie przemiany: liturgia w językach narodowych, upowszechnienie czytania Biblii, rozwój szkolnictwa. W odpowiedzi Kościół katolicki podjął kontrreformację (sobór trydencki 1545–1563), lecz jedność chrześcijaństwa w Europie nie została już przywrócona. Wystąpienie Lutra stało się jednym z kamieni milowych historii – zapoczątkowało proces kształtowania nowoczesnych wyznań i idei wolności sumienia.