Wojna trzydziestoletnia była jednym z najkrwawszych i najbardziej wyniszczających konfliktów w dziejach Europy. Rozpoczęła się w Czechach, gdzie protestanccy Czesi zbuntowali się przeciw katolickim Habsburgom (słynna defenestracja praska w maju 1618 r., gdy wysłanników cesarskich wyrzucono przez okno). Lokalny konflikt religijny przerodził się w wojnę ogólnoeuropejską – do walk w różnych okresach włączyły się niemal wszystkie potęgi: po stronie protestanckiej m.in. Królestwo Danii, Szwecja króla Gustawa Adolfa, a nawet katolicka Francja kardynała Richelieu (która walczyła z Habsburgami dla równowagi sił), zaś po stronie katolickiej Habsburgowie z Austrii i Hiszpanii oraz sprzymierzone księstwa Rzeszy. Wojna toczyła się głównie na terenie Niemiec, pustosząc je doszczętnie – w wyniku walk, głodu i epidemii zginęło tam od 25% do nawet 40% ludności.
Wojna trzydziestoletnia zakończyła się w 1648 roku zawarciem pokoju w Münster i Osnabrück, znanego jako pokój westfalski. Postanowienia tego traktatu były przełomowe. Ustalono, że odtąd w Rzeszy Niemieckiej obowiązuje ponownie zasada „czyja władza, tego wyznanie”, rozszerzona także na wyznawców kalwinizmu (obok katolików i luteran). Książęta niemieccy uzyskali praktycznie pełną suwerenność polityczną, co oznaczało rozbicie Niemiec na dziesiątki niezależnych państewek. Francja otrzymała nabytki terytorialne (m.in. Alzację), stając się najsilniejszym mocarstwem kontynentu, a Szwecja przejęła część wybrzeży Bałtyku i wpływy w północnych Niemczech. Habsburgowie musieli pogodzić się z utratą dominującej pozycji w Europie – cesarz został sprowadzony do roli „pierwszego między równymi” wśród książąt Rzeszy. Znaczącym ustaleniem był również zapis o nieingerencji państw w sprawy wewnętrzne innych krajów z powodów religijnych – zrodziła się koncepcja suwerenności państwowej, leżąca u podstaw nowoczesnego systemu międzynarodowego.
Pokój westfalski zakończył erę wojen religijnych w Europie – odtąd konflikty miały częściej charakter polityczny niż wyznaniowy. Ustalił nowy ład, który z pewnymi zmianami przetrwał aż do czasów rewolucji francuskiej. Wojna trzydziestoletnia pozostawiła jednak straszliwe spustoszenia – zwłaszcza w Niemczech – i pamięć, która wpłynęła na późniejsze dążenia do ograniczenia destrukcyjnych wojen poprzez dyplomację i układy międzypaństwowe.