W 1079 roku król Bolesław II Śmiały stanął w obliczu wewnętrznego kryzysu, który doprowadził do dramatycznych wydarzeń: skazania na śmierć biskupa krakowskiego Stanisława i wybuchu buntu możnych przeciw królowi. Biskup Stanisław ze Szczepanowa, cieszący się autorytetem duchowny, wszedł w konflikt z królem – według późniejszych przekazów miał oskarżyć Bolesława o okrucieństwo wobec poddanych lub spiskować z opozycją. W odpowiedzi Bolesław II osądził biskupa za zdradę stanu. Wyrok był bezprecedensowo surowy: w kwietniu 1079 r. biskup Stanisław został zabity podczas ceremonii (prawdopodobnie egzekucji dokonano na dziedzińcu kościoła na Skałce w Krakowie, według tradycji – przez poćwiartowanie). Ten czyn króla wstrząsnął społeczeństwem i stał się iskrą, która rozpaliła bunt przeciw Bolesławowi. Część możnych, oburzona zabiciem popularnego hierarchy, zbuntowała się i poparła młodszego brata króla – Władysława Hermana. Bolesław II, pozbawiony poparcia, musiał uciekać z Polski. Udał się na Węgry, gdzie wkrótce (1081 lub 1082) zmarł na wygnaniu.

Bunt 1079 roku i zabójstwo biskupa Stanisława miały głęboki wpływ na dalsze dzieje Polski. Utrata tronu przez Bolesława Śmiałego przerwała okres aktywnej, niezależnej polityki zagranicznej i zapoczątkowała bardziej uległe podejście następcy (Władysława Hermana) wobec Cesarstwa i ościennych potęg. Konflikt ten pokazał siłę oporu możnowładców wobec zbyt surowych czy samowolnych rządów królewskich – stał się przestrogą dla kolejnych władców. Śmierć biskupa Stanisława z czasem nabrała wymiaru legendarnego: w 1253 roku Stanisław został kanonizowany, a w pamięci historycznej konflikt między nim a Bolesławem zaczął być interpretowany jako starcie tyranii z obrońcą moralności. Królowi przypisano cechy okrutnika, a męczeństwo Stanisława przedstawiano jako karę bożą spadającą na dynastię Piastów za grzech królobójstwa (gdyż buntownicy de facto pozbawili Bolesława władzy, a być może także przyczynili się do jego śmierci). W rezultacie, biskup Stanisław stał się jednym z patronów Polski i symbolem oporu Kościoła przeciw władzy świeckiej, zaś wydarzenia 1079 roku przez wieki wpływały na relacje państwo–Kościół w Polsce oraz na ocenę historyczną Bolesława Śmiałego.